พื้นที่ของฮานาวะในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นโบราณที่ชื่อแคว้นมุตสึ ส่วนหนึ่งของพื้นที่นี้ถือครองโดยแคว้นศักดินาทานางูระ และส่วนหนึ่งเคยเป็นดินแดนเท็นเรียว ภายใต้การควบคุมโดยตรงของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะในยุคเอโดะ หลังจากการฟื้นฟูเมจิ พื้นที่นี้ถูกจัดให้เป็นส่วนหนึ่งของอำเภอฮิงาชิชิรากาวะในภูมิภาคนากาโดริของแคว้นอิวากิ

หมู่บ้านสึเนโตโยะก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1889 โดยก่อตั้งเป็นระบบเทศบาลในยุคใหม่ หมู่บ้านนี้ได้รับการยกฐานะเป็นเมืองเมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน 1948 โดยได้เปลี่ยนชื่อเป็นฮานาวะในเวลานั้น และเมืองฮานาวะก็ได้ผนวกเอาหมู่บ้านข้างเคียง ได้แก่ ซาซาฮาระ อิชิอิ และทากางิ ในเดือนมีนาคม 1955